En 1533, le dernier prince-évêque de Genève quitte la ville. Dès lors les Genevois se gouvernent par eux-mêmes et adoptent la Réforme au cours de luttes intestines très vives. Le duc de Savoie encouragé par le pape Clément VII, saisit cette occasion pour presser plus étroitement ses attaques contre la cité protestante mais les Genevois font appel à leur combourgeois de Berne : ceux -ci déclarent la guerre au duc de Savoie et mettent en marche une armée de 6 000 hommes. A l'annonce de ce secours important, les Genevois sortent en force, battent dans un combat près de Chêne les quelques troupes savoyardes disposées autour de Genève et se répandent dans les campagnes environnantes livrées sans défense à leurs ravages."tout à l'entour , on ne fit que brûler, piller et saccager châteaux, cures et maisons, principalement des gentilshommes et des prêtres, et certains villages qui avaient fait plusieurs maux à la ville, e  t amener vivres dans icelle. Tous les hommes et femmes se sauvaient par les montagnes de plus de quatre ou cinq lieues à la ronde tant ils avaient peur des luthériens. L'on voyait brûler les châteaux et maisons de tous côtés, Gaillard, Jussi, Bellerive, Villette, Cholay, Ville-la-Grand ....au nombre de six à sept vingts ". Pour échapper à de plus grands maux, les habitants des villages s'en vont en hâte porter leur soumission aux syndics de Genève.

       Dans cette tourmente, Foncenex fût épargné, la plupart des habitants étant tributaires du Couvent de St Victor et du château de Jussy passés aux mains des genevois, mais Veigy subit le pillage. Une petite garnison genevoise installée au château de Jussy se livra à des excès dans les villages environnants. Dans l'une de ses incursions, elle pilla l'église de Veigy et brûla les terres du curé. Aussi, pour échapper à de plus grands maux, et bénéficier des privilèges dont jouissaient les chapitrains , éviter l'administration bernoise et peut-être par sympathie pour la Réforme, les habitants de Veigy , abandonnés par leur seigneur François de Langin, manifestèrent l'intention de s'unir à Genève. On peut lire dans les registres de la ville la note suivante en date du 24 février 1536:

                "Pour que d'aulcuns disent que ceulx de Veigier se veulent rendre à nous, est arresté que s'il de leur bon ils viennent,ils soient receus, pour ce que leur seigneur meschant et nostre ennemys les ha laissés" 

       L'armée bernoise, arrivée à Genève le 2 février 1536, s'avança en Savoie sans rencontrer de résistance. Le Chablais fût conquis sans être envahi. Les chefs de l'armée bernoise voulaient pousser leur marche sur Annecy, mais les soldats firent difficulté d'aller plus loin. Les Valaisans profitèrent des circonstances pour s'emparer du bas Valais et du pays de Gavot jusqu'à la Dranse. Les Bernois bornèrent donc leurs conquêtes au pays de Vaud et aux trois bailliages en "deça des montagnes" : Gex,Ternier-Gaillard et Chablais. Leur armée quitta Genève le 19 février chargée d'un riche butin.

Conversion au protestantisme

       Après la conquête, les pasteurs réformés de Genève se répandirent dans le Chablais pour évangéliser. A Veigy, la population mit à se convertir au protestantisme un empressement extraordinaire. En mai 1536, moins de trois mois après l'invasion, elle avait adopté la Réforme et cette paroisse fut la première à être pourvue d'un pasteur titulaire. Cet empressement à embrasser la religion du vainqueur, constituait pour eux le meilleur moyen de se concilier la bienveillance des nouveaux maîtres. Cette conversion rapide scandalisa le clergé catholique de Chablais et fût jetée en opprobe aux nouveaux convertis. Le 4 mai 1536, à Thonon, pendant un sermon de Farel, un prêtre l'interrompit violemment et l'envoya "promener à Veigy" voulant lui dire: allez à Veigy où vous aurez du succès car ici vous préchez en vain.

      Les très redoutés Seigneurs de Berne, comme se faisaient appeler les conquérants , imposèrent une administration sévère, impartiale et méthodique. A l'exception des biens des bourgeois de Genève exonérés en vertu de privilèges ancien, aucune exemption ne fut accordée. Les nobles et les seigneurs furent taxés comme les roturiers, les pasteurs eux-mêmes furent imposés. Les seigneurs de Berne prirent des mesures favorables aux populations. Ils établirent le jury en matière criminelle, créèrent une chambre de justice dans chaque bailliage et facilitèrent le droit d'appel. Ils mirent ordre aux abus des notaires, en réduisirent le nombre et prescrivirent dès 1536 l'emploi de la langue française dans les actes notariés et les documents publics jusqu'alors rédigés en latin. Ils réduisirent de moitié le droit de mutation, tentèrent de réagir contre la mendicité , plaie de l'époque, et défendirent d'aller aux devins et sorciers. Ils s'opposèrent avec succès aux augmentations de péage que les genevois voulaient imposer aux paysans se rendant au marché de la ville. Ils se préoccupèrent de la conservation des bois et forêts. Leur administration rigoureuse mit fin à ces graves abus fiscaux, judiciaires ou ecclésiastiques si souvent dénoncés par les Etats de Savoie, mais auxquels la faiblesse de l'administration du duché et l'omnipotence de la noblesse et du clergé n'avaient pas permis jusqu'alors de remédier.

      Pendant la période de paix qui suivit l'invasion, les populations purent se livrer sans inquiétude aux travaux des champs et recueillir entièrement le fruit de leur labeur. Cette occupation Bernoise est marquée aussi par l'établissement dans nos villages de nombreux Genevois ou Suisses qui louent ou achètent des biens.