Le traité de Lausanne, 30 octobre 1564, rendit les bailliages de Gex, Ternier-Gaillard et Chablais au duc de Savoie. Berne gardait le pays de Vaud et Genève conservait Jussy et Gy. Les Valaisans restituèrent le pays de Gavot .La remise officielle des territoires ne se fit que le 26 août 1567 pour raisons diplomatiques. Le pays de Gavot fut un au Chablais dont Thonon devint la capitale. Le baillage de Ternier-Gaillard fut soumis à l'autorité du gouverneur de Thonon: Veigy et Foncenex se trouvèrent donc, pour la première fois, sous la même autorité provinciale.
Mais la restitution des bailliages était à peine effectuée que de nouvelles difficultés, aggravées encore par les rivalités religieuses, surgirent entre Savoyards et Genevois. Un second traité signé à Berne le 5 mai 1570 n'apaisa pas les animosités. La tension s'accrut entre les deux pays et aboutit en 1589 à une nouvelle guerre au cours de laquelle la population du Chablais eut cruellement à souffrir.
      Une armée de 6 000 hommes, commandée par Sancy, gentilhomme français, et composée de troupes genevoises, bernoises et autres mercenaires levés en Suisse par le roi de France, s'avança en Chablais le 23 avril 1589. Le lendemain, elle occupait le château de Ballaison abandonné par sa garnison, le surlendemain les cinquante soldats qui défendaient Yvoire se rendaient deux heures après la première sommation et, le 1er mai, les six cents mercenaires du duc de Savoie qui occupaient la forteresse de Ripaille étaient reçus à compensation par Sancy. Ces trois forteresses furent démantelées . A Hermance, la garnison ayant résisté, la ville fut détruite, les remparts démolis et le port comblé. Plus tard au cours d'incursions, les Genevois achevèrent la destruction de petits châteaux qui existaient encore dans les environs et servaient d'appui aux troupes des Savoie, notamment Veigy, Corsinges, Monthoux, Etrembières etHermitage sur Salève.La plupart de ces édifices ne furent pas relevés.

                       

                    La destruction du château de Veigy

       Une garnison savoyarde de 40 hommes commandée par le capitaine Battaglini occupait le château de Veigy. La prise de cette petite forteresse semblait présenter quelques difficultés puisque, pour s'en emparer, le conseil genevois pour la guerre décidait l'envoi d'une expédition nocturne un peu importante. La troupe genevoise investit le château dans la nuit du 29 septembre 1589. Le charpentier Vallud fut chargé de placer le pétard sous la porte du pont-levis , mais l'explosion n'eut d'autre effet que de blesser le pétardier. L'artillerie tira quelques volées et la garnison fut sommée de se rendre. Le capitaine capitula aussitôt sous la réserve de sortir avec les honneurs de la guerre. Le duc de Savoie, furieux d'une reddition qu'il jugeait indigne en raison des moyens de défense du château, fit pendre le malheureux capitaine qui, avec le pétardier Vallud furent les seules victimes de ce fait de guerre. Après être demeuré quelque peu entre les mains des genevois, le château de Veigy fut brûlé et les fortifications ruinées. Quant aux habitants déjà accablés par les passages de troupes et les réquisitions de la garnison, ils subirent encore les exactions des vainqueurs qui emportèrent notamment les cloches.
 

 

Occupations française et genevoise

       Quelques années plus tard, la guerre ayant éclaté entre la Savoie et la France, l'armée du roi Henri IV envahit la Savoie qu'elle occupa de 1596 à 1598.Profitant de cette circonstance, les Genevois s'emparèrent du bailliage de Gex et du mandement de gaillard : les habitants de Foncenex furent de nouveau unis à Genève tandis que ceux de Veigy passaient sous la domination du roi de France et, durant cette période, la limite de nos deux villages marqua la frontière des deux états.A la suite d'une conférence des plénipotentiaires de Savoie et de Genève tenue dans cette ville le 3 novembre 1598, la châtellenie de Gaillard fut restituée au duc de Savoie. L' échec d'une dernière tentative armée, l'Escalade du 12 décembre 1602, amena le traité de St-Julien qui rétablit l'ancien état de choses et confirma Genève dans ses possessions et ses privilèges.

Invasion française et espagnole

      Les hostilités avec Genève ne furent pas les seuls conflits guerriers dont nos aïeux eurent à souffrir :successivement de 1600 à 1601, de 1630 à 1631, de 1690 à1696 et de 1703 à 1713, la Savoie fut conquise et occupée par les troupes du roi de France. Après 30 années de paix, les Espagnols envahirent à leur tour notre pays qu'ils opprimèrent de 1743 à 1749, et cette occupation fut particulièrement pénible pour les habitants qui durent payer un lourd impôt de guerre, satisfaire aux réquisitions des troupes et subir les excès des mercenaires. D'après certains historiens, une conjuration aurai éclaté dans notre région contre les soldats espagnols qui, dans certaines localités, auraient été massacrés. Si l'on en croyait une tradition encore vivace, les paysans de Veigy auraient eu leur part dans ce drame. L'un d'eux nommé Duret aurait fomenté la révolté et répandu le mot d'ordre des conjurés : " Faut empâtâ "(il faut pétrir) et les habitants se seraient jetés de nuit sur un petit détachement qui aurait été massacré.